Sejak alih status IAIN Ambon dari Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN) Ambon melalui Peraturan Presiden Nomor 11 Tahun 2006, banyak perubahan telah dilakukan, baik di tingkat Institut maupun di tingkat Fakultas. Perubahan itu juga dilakukan dalam rangka peningkatan kapasitas IAIN Ambon serta daya saing di wilayah Maluku khususnya dan Indonesia pada umumnya.

IAIN Ambon berusaha menerapkan sistem manajemen dan pengaturan organisasi yang baru, didasarkan atas prinsip-prinsip transparansi, akuntabilitas, keterpaduan dan berorientasi pada kinerja yang baik. Statusnya sebagai IAIN memberikan peluang dari sisi tata pamong (good university governance), dapat dilihat adanya dasar dan arah pengembangan IAIN yang jelas, seperti adanya Kebijakan Umum dan peraturan Menteri Agama Nomor 21 Tahun 2013 tentang Organisasi dan Tata Laksana IAIN Ambon. Arah pengembangan ini dijabarkan oleh pimpinan Institut bersama Fakultas dan tertuang dalam RENSTRA IAIN Ambon.

IAIN Ambon sebagai sebuah institusi pendidikan tinggi yang sehat dan akuntabel akan selalu berusaha meningkatkan mutu akademiknya secara terus menerus (continuous quality improvement). Peningkatan mutu harus ditanamkan ke dalam dada setiap insan IAIN Ambon, sedemikian rupa sehingga dia menjadi bagian dari semangat hidup masyarakat IAIN Ambon. Penjaminan mutu akademik (academic quality assurance) harus menjadi pendorong dari segala bentuk kegiatan akademik di IAIN Ambon. Inilah yang kita sebut sebagai budaya “striving for excellence,” atau semangat juang mencapai mutu, namun demikian kegiatan-kegiatan nyata bagi mendukung tercapainya cita-cita IAIN Ambon untuk menjadi salah sebuah universitas yang paling bermutu dan terkemuka di Indonesia perlu terus diwujudkan dan digalakkan.

Undang-Undang Nomor 20 Tahun 2003 tentang Sistem Pendidikan Nasional menjadi dasar pijakan pelaksanaan pendidikan tinggi di IAIN Ambon, ditambah lagi dengan Undang-Undang Nomor 12 Tahun 2012 tentang Pendidikan Tinggi semakin memperjelas bahwa pendidikan tinggi sebagai bagian dari system pendidikan nasional memiliki peran strategis dalam mencerdaskan kehidupan bangsa dan memajukan ilmu pengetahuan dan teknologi dengan memperhatikan dan menerapkan nilai humaniora serta pembudayaan dan pemberdayaan bangsa Indonesia yang berkelanjutan. Undang Undang ini juga dimaksudkan untuk meningkatkan daya saing bangsa dalam menghadapi globalisasi di segala bidang, diperlukan pendidikan tinggi yang mampu mengembangkan ilmu pengetahuan dan teknologi serta menghasilkan intelektual, ilmuwan, dan/atau profesional yang berbudaya dan kreatif, toleran, demokratis, berkarakter tangguh, serta berani membela kebenaran untuk kepentingan bangsa; Seluruh perangkat di atas kiranya cukup bagi IAIN Ambon untuk melangkah sambil menyusun kekuatan yang lebih baik untuk menjalankan fungsi, tugas serta tanggung jawabnya menjalankan misi mewujudkan visi.