Penerimaan mahasiswa baru IAIN Ambon dilakukan melalui tiga jalur, yaitu:

a. Jalur Seleksi Prestasi Akademik Nasional (SPAN) PTKIN

Jalur Seleksi Prestasi Akademik Nasional (SPAN) PTKIN merupakan Program ini dilaksanakan oleh PTKIN yang bertujuan agar PTKIN dapat menerima calon mahasiswa yang berprestasi akademik tinggi dan diprediksi akan berhasil menyelesaikan studi di PTKIN berdasarkan rekomendasi dari Kepala Sekolah/Madrasah. Siswa yang berprestasi tinggi dan secara konsisten menunjukkan prestasinya tersebut layak mendapatkan kesempatan untuk menjadi calon mahasiswa di UIN/IAIN/STAIN melalui SPAN-PTKIN.

informasi tentang pendaftaran Jalur SPAN PTKIN bisa dilihat pada tautan berikut SPAN-PTKIN

b. Jalur Ujian Masuk (UM) PTKIN

c. Jalur Mandiri